详解自建生物信息学服务器，配置需求与优劣分析
自己玩生信需要服务器吗
1、若要连接 Ensembl 的数据库服务器，可以使用 Navicat 工具，选择 MySQL 连接，并填写适当的服务器地址以优化访问速度，连接到人类 hg38 基因组的 Ensembl 104 版本数据库时，需遵循特定的命名格式，Ensembl 的核心数据库，如 Core 数据库，采用了星型、雪花型和星系型等多种维度模型来组织复杂数据。
2、个人电脑通常能够运行一些基础的生物信息学软件和分析工具，但对于更复杂、计算密集型的生物信息学任务，可能需要更强大的计算资源，例如服务器或云计算平台，以下是一些可以在个人电脑上运行的常见生物信息学应用程序：基本序列分析软件，包括 NCBI BLAST、EMBOSS、CLC Sequence Viewer 等。
3、是否需要服务器很大程度上取决于您分析的数据类型，如果您从事转录组分析，建议使用具备 40-60 个线程、内存至少 128Gb 的服务器，目前许多软件尚未支持 GPU 加速，GPU 不是必需的，但如果您从事基因组分析，服务器的配置可能需要更高，特别是随着三代测序技术的普及，数据量极大，根据我的经验，通常需要至少 1TB 的内存。
4、Xshell 是一款强大的远程连接服务器软件，它允许用户在 Windows 系统环境下，通过远程连接进行生物信息学分析，从而实现工作与娱乐的平衡，作为目前主流的远程软件之一，Xshell 广受用户好评，首次启动 Xshell 的界面如下所示，在使用前需要向导师或实验室管理员申请服务器账号。
5、使用学校的服务器进行生信数据分析可能需要支付费用，因为学校的服务器维护也需要成本，费用通常根据服务器的配置不同而有所差异，例如入门级单核、普通双核、体验更佳的四核等，您也可以选择购买云服务器，价格相对实惠，例如一年仅需 88 元。
哪些生信可以用个人电脑跑
1、个人电脑可以运行一些基础的生物信息学软件，例如基本序列分析软件：包括 NCBI BLAST、EMBOSS、CLC Sequence Viewer 等，这些软件适用于序列比对、互补序列搜索和序列编辑等基本分析。
2、女娲，中国上古神话中的创世女神，又称娲皇、女阴，史记记载，女娲氏是华夏民族的人文始祖，被视为福佑社稷的正神，相传女娲造人，一日中七十化变，用黄泥仿照自己捏土造人，创造人类社会并建立婚姻制度，她还熔彩石以补天，斩鳖足以立四极，留下了女娲补天的神话传说。
3、第二个问题涉及佛教修行，佛教认为四大皆空，但修行者需诚心诚意，贴金是对佛像表示恭敬的行为，而非为了个人利益，若心诚，即使是木头佛像也会显灵。《佛说阿弥陀经》中提到，贴金最初是为了让佛像显得更加庄严。
4、以下是一些可以在个人电脑上运行的生物信息学应用程序：DNA 测序数据分析软件，包括 FastQC、Trimmomatic、BWA 等，这些软件适用于 DNA 测序数据的初步处理和分析。
5、关于有效的转运方法，关键在于将心态调整为空性，将事物和人视为空，以达到消障的目的，在这个过程中，可以借鉴佛教修行的方法，通过学习和实践来提升智慧。
生信电脑配置
1、一般建议的配置如下：CPU 应具备两个以上的核心；内存至少大于 4G，8G 更佳；显卡带宽至少 256bit，1G 视频内存；硬盘容量大于 1T；电源至少为 450W，以避免断电；建议配备 DVD 刻录机，以便于数据备份和分享；最好选择台式机，并配备一个小屏幕的笔记本电脑。
2、对于 Mac 电脑，可以使用 Option 和 - 键；对于 Windows 电脑，可以使用 Alt 和 - 键，在大多数情况下，这些组合键可以替代<- 键，但请注意，=""><- 键不能在所有情况下替代="">
3、CPU 至少需要 2 核，在运行程序时，CPU 通常会占用 100% 的资源，如果没有 2 核，计算机可能会出现假 *** 状态，如果具备 8 核或更多核心，则更为理想，虽然许多程序开始使用 GPU 进行运算，但拥有高性能的 GPU 显卡并非强制要求，为了满足以上条件，可以考虑入门级的 Mac Pro。
4、配置建议：处理器建议使用 i5-5200U 以上，i5-6300HQ（高压版性能更高，但多用于游戏本）、i5-7500U（推荐），显卡建议使用 GT 系列以上，GT920MX、GT930MX、GT940MX（推荐），更高性能的还有 GTX940M、GTX950M 等，内存建议使用 4G DDR4 2133MHz（推荐）。
解析 Ensembl 的数据库服务器(图文详解)
1、Ensembl genome browser 是针对人类和其他脊椎动物基因组的数据库，Microbial 宏基因组数据库包括 JCVI，植物基因组数据库有 Ensemble Plants 和 Phytozome，蛋白质数据库包括 Swiss-Prot 和 TrEMBL，这些都是人工和计算机注释的权威资源，UniProt 是由多个数据库整合而成的蛋白质数据库，包括 PDB 蛋白质结构数据库。
2、点击链接，以人类为例，可以检索所有 miRNA 前体，获取 ID、Accession、RPM、Chromosome、start、end、strand 及 Confidence 等信息，显示产生的两条成熟 miRNA 序列和对应的靶标数据库，点击链接查看具体信息，如 hsa-let-7a-1，其中包含基因、序列、茎环结构等详细信息。
3、本文根据北京大学生物信息学公开课程视频整理，图片来自视频截图，根据不同的特点，可以将这些资源分为不同的类别，根据数据性质，可以将数据库分为原始数据数据库和二级数据数据库。
4、生信，即生物信息学，是一门结合计算机科学、统计学和数学等学科的交叉科学，旨在利用计算机技术和算法分析生物数据，研究生物系统的结构和功能，预测生物学过程，发现新的生物学知识。
5、我们可以从上篇获取到重要通路中的富集基因列表，通过这个基因列表，我们可以从千人基因组计划的网站下载汉族人群的 SNP 基因型数据，或者从 NCBI 获取基因的物理位置信息，然后在 Ensembl 的 VCF to PED 工具中下载汉族人群 Phase3 的基因型数据，这里主要介绍第二种方法。
6、步骤一：获取基因序列数据，通过 NCBI 数据库，可以简便地获取基因序列数据，访问 NCBI 官网，选择 Gene 数据库，输入基因名称如“MYH9”，选择物种后，下载 FASTA 格式的序列，同样，可以通过 Genome 子数据库获取基因组和蛋白组序列，步骤二：批量下载数据，对于大量数据，直接复制粘贴效率低下。
生信跑数据用学校的服务器要花钱么
1、在进行生信数据分析时，应关注数据质量和分析工具的选择，数据质量是分析的前提，确保数据的准确性、完整性和清洁度，避免分析结果受到数据质量的影响，推荐使用高质量的生信数据平台，确保数据分析的起点符合高标准。
2、随着互联网生态的成熟和云服务器成本的降低，生物信息工程师的岗位需求逐渐被各大生物企业所接纳，这个行业的发展速度远超预期，导致了“程序员大规模失业”的现象，生物信息工程师同样面临迭代快、复制性强、人力成本低的挑战。
3、整体配置成本应该不到 15000 元，性能可能比一些四五万的 Intel 服务器还好，如果是中小型实验室，需要多人使用，这种配置是比较合适的。
4、打开 NCBI，点击 Submit，然后会被导航到新的页面，选择提交的数据库，在下滑过程中，选择参考基因组进行数据提交，点击 Submit 即可，登录后，在点击 Submit 之后，会继续导航到新的页面，并可能看到如下提示，这是提示需要先登录 NCBI 再进行数据提交，NCBI 支持微软账号直接登录。
5、个人电脑通常可以运行一些基础的生物信息学软件和分析工具，但对于更复杂、计算密集型的生物信息学任务，可能需要更强大的计算资源，如服务器或云计算平台，以下是一些可以在个人电脑上运行的常见生物信息学应用程序：基本序列分析软件，包括 NCBI BLAST、EMBOSS、CLC Sequence Viewer 等。